为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香配音）、天桐（宫野真配音）、艾莉丝（悠木碧配音）带着各自的小伙伴继续修业之旅。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，并在此遇到了传说中拥有神奇力量的神奇宝贝比克提尼（水树奈奈配音）。　　早在一千多年前，艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡，可是两个王子分别带着黑龙杰克罗姆（高桥英树配音）和白龙雷西拉姆（谷原章介配音）发生争斗，令国家崩溃在即。老国王借助比克提尼的力量暂时稳定住了龙脉，而大地之乡则从此凋零。作为大地之乡的后裔，德雷多（つるの剛士配音）找到了被封印的杰克罗姆，于是决定重建失落已久的故土……